Abhängig von den Gezeiten ist die Strömung der Jökulsá unterschiedlich stark. Sie kann sich auch umkehren, so dass Salzwasser vom Meer in den See strömt, was dessen Zufrieren verhindert. Bei meerwärts gerichteter Strömung werden Eisberge aus dem See ins Meer gespült und teilweise am angrenzenden schwarzen Basaltstrand abgelagert.